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一旦事情发展成这样，那么无论屠教授之前做了多么大的贡献，率领团队开发出“救赎一号”立下了多大的功劳，都为因为这一次的决定全部化为乌有。但是事到如今，即便是总指挥也想不出更好的办法了，毕竟屠教授说的话还是有一定道理的。目前为止新都事件发展至今天这样的地步，总指挥也尽了自己的全部努力来调查，却没有取得任何的进展。
“老屠啊，你可能还不完全清楚我在指挥部里的处境吧。”总指挥有些惋惜的说，接着总指挥把自己的处境和屠教授还不知道的一些内部消息告诉了屠教授。
“其实，你上次绕开指挥部擅自调查和抓捕杨志的事情，我也有很大的责任。如果在你采取那样的行动之前，我能有所行动，你也不至于做出那样冒险的决定。你因该知道，能做到我这个位置的人，绝不会有傻瓜，所以我一开始就知道杨志身上有异常，但是可惜的是……”
原来总指挥一直以来都知道自己身边的某些人在心怀鬼胎，但是却苦于没有任何实质性的证据，所以迟迟不能采取行动。而杨志就是其中之一。总指挥明明知道杨志的行为有很多令人不解的地方，但是却找不到杨志身上的破绽，没有破绽就没有突破口，所以迟迟没有对杨志下手。
而这样做的接过就是导致杨志越发变得肆无忌惮，并试图先下手为强，对屠教授和他的实验室下了手。根本就不把总指挥和屠教授放在眼里。当时的杨志可能真的以为总指挥找不到自己的破绽，或者认为总指挥压根就没有怀疑过他。
再加上那个时候杨志在暗，屠教授在明。虽然屠教授可以察觉到身边的严颜有些不对劲，但是屠教授却不知道到底是什么人在严颜背后指使他那样做。所以才会造成屠教授在万般无奈之下，为了挖出严颜背后的主使者，挺而走眼，拿自己的安全和前途作为赌注，孤注一掷将计就计利用严颜及其背后的人急于求成的心爱引蛇出洞，这才把杨志挖了出来。
可是这样的行为也让屠教授的身上蒙上了一层阴影。让那些原本救视屠教授为眼中钉的家伙找到了推到屠教授的机会。而此时总指挥的身边，一直以来就是多股势力共存，相互牵制和制约着。但是尽管如此，还是可以维持最基本的平衡，不会有任何一方做出过于出格的事情。
然而为了保住屠教授，总指挥把那次事情的责任揽到了自己身上而这样的行为无异于引火烧身，并打破了最基本的平衡，让那些原本还可以和总指挥在表面上和平相处的敌对势力开始绝大部分的注意力都转嫁到了总指挥的身上。以至于指挥部里那些对总指挥心怀芥蒂和不满的人开始了和总指挥的明争暗斗。这些人打算推翻总指挥，并取代他的位置。
因此总指挥在指挥部里开始面对难以想象的压力，原本在很多重要决策上，总指挥就很难按照自己的意愿去安排。如今在加上屠教授这摊子事儿，让其他几股势力开始联合起来对付总指挥。凡是总指挥赞成的决议，那些人就坚决的反对；凡是总指挥反对的事情，他们就坚决赞成。
所以每每遇到关键时刻，为了守住最基本的底线，总指挥都不得不使用自己最高的权利“否决权”来压制那些和自己“唱反调”的人，但是这样一来也导致指挥部在很多时候的重要决策上总是无法及时做出决定。而且长此以往，对总指挥是绝对不利的。这会让人说总指挥是“独断专行”的人。
同时屠教授绕过高层，擅自调查和设计抓捕杨志，并导致杨志在押解途中遭人灭口的事情在Z国高层引起了不小的震动，即便是总指挥也无法完全包揽此时带来的不良影响。虽然事后总指挥派人按照屠教授提供的线索进行了相关的调查，确定了杨志的一些罪行。同时屠教授也提供了当时和杨志对话时的录音和录像资料作为佐证。但是这里面依然缺乏杨志直接参与活尸大爆发，或者试图国难财的直接证据。
这也导致了Z国高层里有人对屠教授的做法的合理性和合法性提出了质疑。更有甚者，有人还死死抓住杨志之死这一点提出了相对应的一些“阴谋论”，认为屠教授自身也可能深陷其中，而挖出杨志，实际上只是想要“杀人灭口”。虽然这样的说法目前为止没有任何人敢于明里站出来表示支持和赞同。但是这样的流言蜚语好像幽灵一样在Z国高层的眼睛和耳朵里进进出出。时间一长，自然也就形成了许多不良的影响。
总指挥告诉屠教授说：“现在，很多人都在建议让你暂停职务。”说到这里总指挥顿了顿说：“其实杨志的事情一曝光，就有人提出了类似的建议。但是鉴于当时只有你最了解活尸病的疫情以及实验室的研究工作。而且那个时候开发出可以治疗活尸病的药剂才是最主要的，所以那些人试图让你暂停职务的意见被‘上面’否决了。然而很不幸得是当你率领你的团队开发出‘救赎一号之’后，那些人看到药剂已经成功研发，且指挥部也得到了你上交的配方之后，他们再次提出了让你‘暂停’职务的建议……”
“一群卑鄙无耻的混蛋！”屠教授了总指挥的话之后恨的咬牙切齿。接着总指挥对屠教授说：“如果这个节骨眼上，你在把城东的事情闹大了，这可是自毁前程啊。即便是城东的事情按照你的部署成功达成了目的，但是这也势必影响你今后的发展，借用电视剧里的一句话‘如果让你这种无视组织，任意妄为的行为尝到了甜头，那今后还有谁能管得了你’。”
听了总指挥的话之后，屠教授这才明白之前总指挥冲着自己发火，并不是因为自己没有汇报城东发生的事情而“得罪”了总指挥，而是因为总指挥看到自己尽做一些“自毁前程”的事情而感到无奈和恼怒……